争鸣时期(14世纪中叶—17世纪中叶)公元1354年山南帕竹地区的降曲坚赞建立的帕竹地方政权取代萨迦王朝后,西藏社会由奴隶制进入封建农奴制,这一时期宗喀巴改革宗教创立的黄教在全藏的传播,帮助了帕竹封建统治地位的巩固,客观上促进了藏族经济文化的繁荣。因此,在15世纪中期,藏医学中出现了许多不同学派的争鸣局面。这些学派中强巴学派和苏喀巴学派影响最大。强巴学派主要活动于拉萨西北高寒干燥地区,结合该地区环境气候及生活习俗总结出一套治疗寒证的经验,形式了自己特色,故又称为北派。代表人物是强巴·南杰扎桑。苏喀巴学派主要活动于拉萨东南地区,结合该地湿温环境气候及生活习俗擅长用凉药治疗热证,也形成有自己特色,故又称南派。代表人物是苏喀·年姆尼多杰。两派在藏医基础理论等重大问题上观点是一致的,但只是在对药物的认识,用药遣方、剂量及治疗方法等方面各有自己的经验。如北派对许多药物品种有别于南派的认识,善于用温热药物,擅长艾灸,组方药味较多,而南派擅长应用清凉性药物,组方药味一般较少,年姆尼多杰的《药味论·铁重》等书系统阐述了该派的药物认识和用药特点。北派注意形象教学,绘制出了许多藏医挂图,其中叫杜孜吉美的精心绘制出药物、人体解剖挂图,为后世藏医唐卡的绘制打下了基础。南派对《四部医典》的研究成果多于北派,其中苏喀·洛哲杰布寻找到《四部医典》的原本并刻版印刷行世,称为《扎塘版四部医典》,通过对《四部医典》深入研究,著有《祖先口述》的第一二部,代表了苏喀派的见解,为国内外藏医界所重视。他的《缪见纠正》一书否定了强巴派《四部医典》是佛祖教诫的观点,正确提出《四部医典》是藏族本民族医学家的著作的观点,影响十分广泛。南北学派长期争鸣,促进了藏医学术的繁荣和发展(见强巴学派和苏喀学派条)。另外这一时期北派学术中还出现有隆敦派和贡曼巴派传承(见隆敦巴医学传承条和贡曼巴医学传承条),南派学术中出现了直贡巴传承(见直贡巴医学传承条),都为藏医的发展作出了积极贡献。